Microbiële gifstoffen worden voornamelijk aangemaakt door micro-organismen die in vochtige omstandigheden leven, zoals in de bodem, in een plant of in het lichaam. Soorten die in het water leven produceren geen of heel weinig gifstoffen omdat deze stoffen hier snel te sterk verdund en daarmee onwerkzaam zouden worden.
 
Deze gifstoffen worden alléén aangemaakt wanneer een nieuwe leefomgeving wordt gekoloniseerd of wanneer de leefomgeving beschermd dient te worden tegen een concurrerende soort. De gifstoffen van micro-organismen zijn speciaal bedoeld voor bepaalde opdringerige soorten. De soorten bacteriën, schimmels en andere micro-organismen die samenwerkingsvormen hebben ontwikkeld, gebruiken geen gif in de onderlinge communicatie en zijn bestand tegen elkaars gifstoffen. Daarnaast maken micro-organismen ook anti-gifstoffen aan die de voor hen dodelijke gifstoffen van andere soorten tegenwerken.
 
Belangrijke eigenschappen van de verschillende soorten microbiële gifstoffen zijn de selectieve werking, de lage werkzame concentratie, de goede afbreekbaarheid, de brede of smalle werkingsspectra en de verschillende werkingsmechanismen. Andere eigenschappen zijn dat ze al werken in zeer lage concentraties, dat ze zich niet ophopen in het milieu (in de bodem of het lichaam) en dat ze geneutraliseerd of afgebroken kunnen worden door andere micro-organismen.
 
Tijdens de industriële productie van antibiotica als geneesmiddelen worden de eigenschappen van de oorspronkelijke microbiële gifstoffen veranderd om de bruikbaarheid op grote schaal te verbeteren.