Nadat antibiotica het lichaam van mens en dier verlaten komen ze via verschillende routes in het milieu terecht. Medicinale antibiotica worden overal in het milieu teruggevonden. Het feit dat antibiotica in het oppervlaktewater worden aangetroffen betekent dat deze gifstoffen tijdens het waterzuiveringsproces onvoldoende worden afgebroken. De afbreekbaarheid of biodegradatie van antibiotica in het milieu blijkt over het algemeen gering te zijn. De meeste antibiotica zijn bovendien slecht wateroplosbaar en hopen zich (daardoor) in het organisme op 1).

De kennis over de invloed van antibiotica op het milieu is nog zeer beperkt. Antibiotica verstoren de bacterie- en schimmelpopulaties in bodem en water. Ook hebben zij invloed op meer complexe organismen, zoals algen.
 
Onduidelijk is wat de gevolgen zijn wanneer antibiotica via het milieu in het lichaam van mens of dier terecht komen.

 
Hier wordt het lot twee totaal verschillende en veel bij mens en dier toegepaste antibioticagroepen in het milieu nader onder de loep genomen: tetracyclinen en penicillinen.